娄山关战斗胜利结束后，趁敌军援师未到，遵义兵力较为空虚之际，彭德怀下达了攻打遵义的命令，红3军团乘胜向遵义城进逼。此时，守在城内的王家烈纠集黔军第1,5,6,8军团在遵义一带负隅顽抗，并向薛岳两师频发急电，称红军“先头部队已进至板桥南端之观音阁。查其企图，似有扑遵之势。遵城兵力太薄弱，守亦不易，现固守待援。”迫切地呼求救兵。

遵义城以湘河为界，分为新城和老城。27日，红1,3军团向遵义守敌发动猛攻，很快将新城的守敌歼灭，但老城仍有残敌盘踞。为有足够的精力对付薛岳援敌，必须要迅速消灭遵义老城的守军。这时，红军的侦察员侦听到了王家烈求援电话，得到的答复是死守遵义城，援军将于次日赶到。彭德怀得此信息，立即下令，务必在当晚拿下遵义老城！攻打遵义的战斗遂全面展开。在攻打老城的过程中，红3军团参谋长邓萍在指挥现场勘察地形时，被敌人的飞弹射中，不幸牺牲。

邓萍曾经参加过北伐战争和平江起义，历任红5军军长等职，是一名优秀的红军指挥员。他的牺牲给战友们带来了巨大的悲痛，彭德怀抚着他的遗体泣不成声，红3军团11团政治委员张爱萍在战斗结束后挥泪斌词：“长夜沉沉何时旦，黄埔习武求经典。北伐讨贼冒弹雨，平江起义助烽焰。‘围剿’粉碎苦运筹，长征转战肩重担。遵义城下洒热血，三军征途哭奇男。”以此来表达对邓萍同志的哀悼之情。而悲痛也赋予了红军以无比的力量，他们在泪水中奋勇杀敌，终于攻克了遵义老城，王家烈在打败后仓皇逃走。28日，国民党中央军昊奇伟部赶到，与红军再次开战。经过反复激战，红3军团在干部团的配合下终于将敌击溃，并在中革军委的指示下，乘胜追击。敌军逃到乌江边，争相过桥，结果将乌江桥压断，人马纷纷落水，未及过江者，大部被歼或成为红军的俘虏，小部溃散在附近乱山之中。3月I日，遵义战役胜利结束。

这次战役，红军力夺娄山关，连克桐梓和遵义两城，共歼灭和击溃敌军2个师又8个团，俘敌3000多人，缴获武器装备若干，是红军长征以来歼敌最多、创敌最重的一次战役，取得了重大的胜利。它给了国民党的追击部队以沉重打击，被蒋介石称作“国军追击以来的奇耻大辱”。贵州军阀王家烈不得不向蒋介石致电请罪，被免去了贵州省主席和第25军军长的职务。

当然，在遵义大捷的背后，红军也付出了不小的代价。根据彭德怀在3月2日给中革军委写的关于红3军团编制的报告，当时红3军团减员很多，只有一个团能维持原编制，每连也只有五六十人。其余各团，每连仅编四、五个班，需大量补充才能维持4个团的编制。可见，红军在夺取娄山关、二占遵义城的战役中，损失也是相当惊人的。

遵义战役之后，蒋介石很是懊恼，他决定要“雪遵义失败之耻”，并当即飞抵重庆，决定亲自“督期”，指挥驻川、黔各部队与红军交战。3月3日，蒋介石下达手令曰：“本委员长已进驻重庆，凡我驻川黔各军，概由本委员长统一指挥，如无本委员长命令，不得各自进退，务期共同完成使命。”

蒋介石调集中央军周浑元、吴奇伟纵队，黔军王家烈、滇军孙渡、川军郭勋棋各部云集遵义西北地区，采用第五次“围剿”中的堡垒主义与重兵进攻的老办法，南守北攻，逐渐缩小包围圈，企图歼灭红军于遵义、鸭溪狭窄地带。毛主席洞察其歼，遂将计就计，故意命红军在遵义地区徘徊寻敌，与黔军和周浑元部形成对峙后，突然挥师北上，

向赤水河上游转移。3月16日，红军按照中革军委的行动部署，从茅台三渡赤水，向川南的古蔺、叙永方向前进，摆出北渡长江的姿态。蒋介石一开始摸不清红军的意图，见红军在遵义地区求战以为红军想要盘踞西南地区，后又以为红军要东渡乌江，之后又猜测红军的行动方针尚未决定，但现在见红军重到川南，便断定他们又要“渡江入川”，连忙重新部署，在川、黔、滇边境，赤水河西岸、土城、毕节一带严加防堵，并派兵在川南一带跟踪迫击。但就在国民党军队纷纷向川南、黔北等长江以南地区集结时，红军又迅速回师东进，重返贵州。

20日，彭德怀就如何摆脱敌军的围追堵截、确定战略进军方向的问题，向中革军委提出建议：应以一部向西急进至扎西地区，以迷引滇敌；其余各部继向回龙场及其以西吸引川敌向古永移动，然后脱离该敌，在适当时机渡过赤水河，再寻战机。同时提出红军要避免同力敌相碰，以保存优势兵力。得到了中革军委的肯定。21日，按照军委主席朱德“由二郎滩至林滩地段渡过赤水东岸，寻求机动”的命令，中央红军以一个团伪装主力，公开提出“打过古蔺去，占领叙永，北渡长江”的口号，诱敌向西；红军主力则趁机经二郎滩、九溪口、太平渡四渡赤水河，让国民党在川南的部队又扑了一个空。

蒋介石被红军“莫名其妙”的行动弄得晕头转向，叫苦不迭。他在给滇军的电报中称：“共军现复向东回窜，渡过赤水河”，但“是否其主力东窜，抑以一部东窜，而主力仍西窜，不得而知。”红军主力渡过赤水河之后，迅速南进，于31日渡过乌江，跳出了敌人的包围圈，逼近贵阳，为实现下一步入川的战略创造了有利条件。但在进入四川之前，必须首先清除据守在滇、黔的敌军障碍。4月13日，彭德怀和杨尚昆向中革军委提出建议：北盘江两岸石山耸立，居民多为苗族，地形和环境对我作战不利，应乘敌未到，迅速渡过北盘江，向滇急进，扩大机动区域，以便争取主动。于是红军再一次声东击西，一部向湖南东进佯作与红2,6军团会合的姿态，而红军主力则脱离敌人向东南机动。这一行动的目的是将滇军引出来，乃是用了调虎离山之计。

果然，蒋介石再次中计，他认为红军的这一行动极大地威胁着贵阳的安全，因此急令各部，加派守备贵阳的人手。结果红军只是在贵阳地区虚晃一枪，趁国民党军的主力部队开始保卫贵阳之际，迅速向西北前进。由于摆脱了敌军的重兵堵截，红军沿途势如破竹，如入无人之境。此时，蒋介石如梦初醒，惊呼上当，急忙重新部署派兵追赶，但为时已晚，红军已超过追兵数日的行程了。5月9日，红军甩开了国民党几十万的兵力，全部渡过金沙江，把国民党军远远地抛在金沙江以南。在这次战役中，红军以3万余人的劣势兵力，与数十万敌军巧妙周旋，开创了红军运动战的光辉典范，在红军长征的战略转移中具有决定性的意义。

红军抢渡金沙江成功以后，决定在会理城进行休整和补充。会理城位于四川南端、金沙江北岸，有内外两城，城墙完整，高而厚实，易守难攻。红军只有轻武器，且弹药不足，彭德怀遂率红3军团和干部团进行坑道爆破，奋战五昼夜后，只炸开城东北角。敌军用多挺机枪交叉扫射，阻红军于城下，会理城未能拿下。于是，红3军团继续围城困敌，迫使城内守兵不敢出击，红军主力则在会理城外得以休整。

而在此时，在红军内部的领导层间，却掀起了一股小小的风波。原来，遵义会议后，为摆脱敌军的围追堵截，毛主席指挥红军四渡赤水河、频繁战斗、与敌军迂回周旋，得以胜利前进，而一些红军指战员却因对中央战略意图不明、人乏马惫而对中央的领导产生了不满情绪，甚至有人开始质疑毛主席的指挥能力，要求撤换领导，红1军团军团长林彪就是其中之一。

在四渡赤水过程中，林彪虽然忠实地执行了军委命令，却对毛主席这种反复无常、迂回曲折的机动灵活并不理解。行军途中，他曾对聂荣臻抱怨道：“尽走弓背！尽走弓背！不会走弓弦吗？这样会把部队拖垮的，像他这样领导指挥还行！？”见聂荣臻不同意他的这种观点，又在会理休整期间，给彭德怀打电话说：“彭总，现在的领导不成了，你出来指挥吧。再这样下去，就要失败了。我们服从你的领导，你下命令，我们跟你走！”彭德怀当即拒绝了林彪的要求：“遵义会议才改变领导，现在又提出改变前敌指挥是不妥当的。至于我，则更不适当。”当时，聂荣臻便严肃地批评林彪说：“你是什么地位？你怎么可以指定总司令，撤换统帅？我们红军是党的军队，不是个人的军队，谁要造反，办不到！”

但林彪并没有就此罢休。几天后，他给中央三人指挥小组写了一封信，要求朱毛随军主持大计，让彭德怀指挥作战，与四方面军会合。言下之意就是要毛主席下台。林彪把信交给聂荣臻看后，请他签名，当即遭到严词拒绝：“革命到了这样的紧急关头，你不要毛主席领导，谁来领导？你刚刚参加了遵义会议，现在又反对遵义会议，这个态度是很错误的，是违反纪律的。况且你跟毛主席最久，现在你应该相信毛主席，只有毛主席才能挽救危局。我不能签这个名，我也坚决反对你签名上送这封信。”但林彪最终还是发出了这封信。

接到林彪的信件，毛主席吃了一惊，马上在会理城外的铁厂召集各军团主要负责人举行了扩大会议，对林彪的行为进行了批评。但毛主席却将主要责任归于彭德怀身上，认为林彪只不过是个“娃娃”，这封信一定是彭德怀鼓动起来，因此对彭德怀进行了异常严厉的批评，在批评林彪时，反而语气缓和得多：“这段时间我们的战略方针是对的，毋容置疑。渡过金沙江后，我们不是摆脱国民党的追兵了吗？不是实现了原定的计划渡江北上了吗？下一步棋，就是研究如何同张国焘、徐向前的部队会合了。为了实现总的战略目标，我们多跑点路，走了一些弓背路，这又有什么关系呢？打仗就是这样，为了进攻而防御，为了前进而后退，为了正面而向侧面，为了走直路而走弯路。这值得发什么牢骚？讲什么怪话？天下的事，有时是不以人的意志为转移的，你想这样做，却偏偏一下子办不到。但转了一个圈，事情又办成了。总之，遵义政治局会议后，中央的领导是正确的，要相信，不能有丝毫的怀疑和动摇。”

会理会议还提到了在刘少奇和杨尚昆向中央反映情况的一封电报中，彭德怀不同意进行鲁班场和习水战斗的意见，批评彭德怀是“对失去中央苏区不满和右倾情绪的反映”。会议的气氛十分紧张。对于会议的批评，彭德怀感到十分意外和委屈，但考虑到大敌当前团结为重，便采取了不抗辩、不申明、日久自然明的态度，承担了责任，并作了自我批评，表示“坚决拥护新领导，继续北上，与四方面军靠近”。但他没有料到，这次隐忍退让却为他埋下了冤雪的种子。

毛主席在以后的24年之中把此事讲了4次，并在1959年庐山会议上将其作为彭德怀在历史上和他有七分不合作的罪状之一。

但就当时形势而言，会理会议纠正了当时军内存在的消极和不满情绪，统一了全军的思想和行动，维护了党内的团结，并确定了今后的战斗任务，在当时是具有积极意义的。

会理会议后，红军继续北进，准备从沪沽渡过大渡河，与红四方面军取得会合。中央红军为争取时间，提高行军速度，对沿途的一些有敌军把守的城市采取了绕道而行的态度，而这些城市的守军亦都畏惧红军的力量，大多紧闭城门，不敢主动出击。因此，红军到达沪沽的路途很顺利。从沪沽到大渡河有两条路，一条是越小相岭，经越西到大树堡，这是一条大路，但蒋介石已在这条线上派重兵防堵，想要通过将会非常困难；另一条是经冕宁过拖乌到安顺场，这是一条山路，崎岖多险，且要经过彝族聚居区，要通过也是非常困难，但这一带国民党防务比较薄弱。经反复思考和商讨，中革军委决定两害相权取其轻，派一小部红军佯攻大路吸引和牵制敌人，主力部队沿山路挺进。从沪沽到安顺机场，要经过大凉山彝族区。由于历代反动统治阶级实行错误的民族政策，彝族同胞曾遭到过残酷的迫害，他们对汉族有着强烈的排斥和抵抗情绪。红军要在这个最大的彝族聚居区通过，本已是十分困难，再加上国民党军的挑拨离间，此次行动更是难上加难。

发觉红军主力选取了第二条路作为行军路线后，蒋介石忙向其部属密下手令，要求对彝民“特加抚慰，以为我用”。于是这一带的军阀便派人到处散播谣言，说红军要“把青年妇女抢去带走，壮年男子抢去支差，小孩子抢去喂马”，企图煽动彝民对红军的厌恶，阻挠红军北上。党中央、中革军委得知此消息，连忙组织红军学习党的民族政策，调查了解彝族的生活习惯，积极开展对彝族的宣传工作，并帮助他们建立了自己的革命根据地，反乡绅、打土豪，将受压迫的彝民从民族对立的苦海中解脱出来，以实际行动感化他们，得到了大凉山广大彝族同胞的拥护，从此彝汉两族结下了深厚的友谊。